Pokécube se encarga de convertir el universo de Minecraft en un universo de Pokémon, añadiendo al juego más de 600 Pokémons salvajes, 100 más que en su anterior versión. Al igual que ocurre en la famosa serie de Pokémon, en este mod también encontraremos Pokémons hostiles y pacíficos, aunque en ambos casos podrán ser capturados por nosotros, haciendo uso de las Pokeballs.

Tras capturar un Pokémon con una Pokeball, podremos domesticarlo y entrenarlo, haciendo que aumenten sus niveles, siendo cada vez más poderoso. Un Pokémon domesticado nos ayudará en nuestras batallas, tanto si son contra otros Pokémons, como contra cualquier otra clase de criatura.

Al utilizar Pokémons durante nuestras batallas, éstos irán ganando niveles y podrán mejorar sus parámetros de salud, defensa, ataque y demás. De hecho la única forma de mejorar nuestros Pokémons es en las batallas. Así que será cuestión de entrenarse en el arte del combate.